Note d’information sur l’évolution des variants du SARS-CoV-2
(Données du séquençage en Algérie)
Le SARS-CoV-2 a continué à évoluer, notamment depuis l’apparition du variant Omicron qui, à ce jour, présente le plus haut degré de divergence et continue d’évoluer sur les doubles plans génétique et antigénique, donnant naissance à un nombre croissant de sous-lignées.
Certaines mutations acquises au cours de cette évolution permettent un échappement à l’immunité existante. Ceci représente l’une des raisons pour lesquelles les personnes sont réinfectées par les différents sous-variants du coronavirus.
Généralement, l’évolution est progressive, les nouveaux variants ne présentant qu’une ou quelques mutations, comparés à leur ancêtre.
Cependant, de nouveaux variants apparaissent avec de nombreuses mutations. La majorité de ces variants hautement mutés ont disparus, mais quelques-uns se sont largement répandus (exemples : Omicron BA.1, Omicron BA.2).
L'émergence du variant Omicron a été une étape évolutive remarquable pour le SARS-CoV-2, affichant des divergences génétiques significatives par rapport aux variants précédents.
La situation mondiale est aujourd’hui caractérisée par la dominance du variant Omicron à l’échelle globale, la majorité des pays rapportant une circulation quasi exclusive de l’Omicron. Tous les variants en circulation actuellement sont des lignées et sous-lignées du variant Omicron.
Le Laboratoire des virus respiratoires de l’Institut Pasteur d’Algérie, Centre National de Référence pour la Grippe, à travers le Réseau de Surveillance Génomique des variants du SARS-CoV-2 circulants en Algérie, rapporte la dynamique évolutive de ces lignées et sous-lignées.
La lignée SARS-CoV-2 BA.2.86, identifiée pour la première fois en août 2023, est phylogénétiquement distincte des lignées SARS-CoV-2 Omicron XBB précédemment en circulation, y compris EG.5.1 et HK.3. Par rapport à XBB et BA.2, BA.2.86 porte plus de 30 mutations dans la protéine spike, ce qui indique un potentiel élevé d'évasion immunitaire. BA.2.86 a évolué et son descendant, JN.1 (BA.2.86.1.1), est apparu fin 2023. JN.1 est porteur de la S:L455S et de trois mutations dans des protéines non-S. S:L455S est une mutation caractéristique de JN.1.
On retrouve aujourd’hui en Algérie, une prédominance de la sous-lignée JN.1 et de ses descendants.
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