L'Institut Pasteur d'Alger fut créé en 1894, à l'initiative des Docteurs Jean Baptiste Paulin TROLARD et H. SOULIE. Il avait pour mission au départ, d'assurer le traitement antirabique des personnes mordues.
En l'an1900, l'Institut Pasteur de Paris détacha à Alger une mission permanente, dirigée par les frères Edmond et Etienne SERGENT, pour vérifier les hypothèses émises par le Docteur Alphonse LAVERAN sur l'agent du paludisme.
Conformément aux conclusions de cette mission, fut créé le 31 décembre 1909, l'Institut Pasteur d'Algérie (IPA), né de la fusion entre cette mission et l'Institut Pasteur d'Alger. L'Institut Pasteur d'Algérie fut considéré comme un Institut d'Outre-mer, rattaché à la maison-mère et placé sous la tutelle des autorités coloniales locales, à la suite d'un contrat signé entre C. JONNART, gouverneur général de l'Algérie et l'Institut Pasteur de Paris dirigé par le Docteur Émile ROUX.
Ce contrat définit l'Institut Pasteur d'Algérie comme "le centre de recherches scientifiques d'après les méthodes pasteuriennes" auquel est confié "l'étude des maladies virulentes de l'homme, des animaux et des plantes intéressant l'Algérie et les pays de l'Afrique du Nord, l'enseignement des méthodes microbiologiques, l'organisation et la direction de tous les travaux, missions et études scientifiques se rapportant aux recherches microbiologiques ou intéressant la santé publique en Algérie". La direction de cet Institut fut confiée au Docteur Albert CALMETTE (de 1910 à 1912), puis au Docteur Edmond SERGENT (de 1912 à 1962). L'action de cet établissement, limitée tout d'abord au service antirabique, s'étendit bientôt à la préparation des sérums et vaccins, à l'organisation du service antipaludique et d'une façon générale, à l'étude de la pathologie Algérienne. Le départ massif des cadres français en 1962, contraint l'Institut Pasteur d'Algérie à arrêter momentanément ses activités scientifiques.
Le Docteur Maurice BEGUET assurera l'intérim jusqu'au mois d'avril 1963, date à laquelle la direction sera confiée au Docteur Robert NEIL qui redynamisera les activités scientifiques et de formation au sein de l'Institut, pour la production des sérums et vaccins. Il mènera l'Institut à son algérianisation, en 1971.
L’Ordonnance n°71-45 du 21 juin 1971, consacre la création d’un Institut Pasteur à Alger qui fut érigé en "Etablissement" d'utilité publique, sans but lucratif, doté de la personnalité civile et de l'autonomie financière". Le ministère de tutelle confia sa direction à feu Professeur Mostefa BENHASSINE de 1971 à 1986. L’organisation de l’Institut est définie par la suite par le décret n°72-165 du 27 juillet 1972.
L'Institut fut alors investi d'une triple mission : Recherche et référence dans les domaines de la microbiologie, de la parasitologie et de l'immunologie, Production et distribution de sérums et vaccins à usage humain et vétérinaire, Formation du personnel scientifique et technique dans ses domaines d'activités. Par la suite, l'Institut Pasteur d'Algérie changea de statut juridique conformément au décret exécutif n°94-74 du 30 mars 1994, pour devenir "un Etablissement public à caractère industriel et commercial (EPIC) " dans l'unique but de régulariser son activité commerciale, tout en gardant ses missions initiales. Ce décret sera modifié et complété par le décret exécutif n°98-234 du 21 juillet 1998 puis complété une nouvelle fois par le décret exécutif n°16-17 du 21 janvier 2016 qui permet à l’Institut de créer des annexes ainsi que des filiales, de prendre des participations dans toute entreprise et de contracter tout contrat de partenariat, notamment pour ses activités de production et de commercialisation de vaccins, de sérums, de réactifs, de milieux de culture et autres produits biologiques.
A partir de 1971, l'Institut a été dirigé par :
- Feu Pr Mostefa BENHASSINE, Professeur en Microbiologie, de 1971 à 1986,
- Dr Amar BENADOUDA, Docteur en Médecine spécialiste en Médecine Préventive et sociale, de 1986 à 1987,
- Pr Miloud BELKAID, Professeur en Parasitologie, de 1987 à 1988,
- Pr Mohamed Cherif ABBADI, Professeur en Immunologie de 1988 à 1992,
- Pr Fadila BOULAHBAL, Professeur en Microbiologie, de 1992 à 1994,
- Pr Mohamed TAZIR, Professeur en Microbiologie de 1994 à 2000,
- Pr Miloud BELKAID, Professeur en Parasitologie, de 2000 à 2006,
- Docteur El Hadj Ahmed LEBRES, Docteur en Microbiologie, de 2006 à 2009,
- Pr Mohamed Cherif ABBADI, Professeur en Immunologie en 2009,
- Pr Mohamed TAZIR, Professeur en Microbiologie, de 2010 à 2012,
- Pr Mohamed MANSOURI, Professeur en Pharmacologie, en 2012,
- Pr Kamal KEZZAL, Professeur en Microbiologie, de 2012 à 2016,
- Docteur Zoubir HARRAT, Docteur en Parasitologie, de 2016 à 2020,
- Pr Fawzi DERRAR, Professeur en Microbiologie, depuis mars 2020.
L'Institut Pasteur d'Algérie fait en outre partie du Réseau International des Instituts Pasteur (PINA), dont la coordination est assurée par l'Institut Pasteur de Paris.
L'objectif commun du réseau est d'élaborer un programme de coopération scientifique notamment pour la protection de la santé publique, en particulier pour la surveillance et le contrôle épidémiologique des maladies infectieuses et parasitaires (Sida, grippe, tuberculose, paludisme, choléra, etc.); La participation aux grands programmes internationaux ou régionaux de recherche (recherches cliniques, enquêtes épidémiologiques, recherches fondamentales, etc.); La formation du personnel scientifique (biologistes, chercheurs et techniciens) dans le cadre de leur activité de santé publique et de recherche.